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 學校創辦于1938年,前身是國立云南大學農學院,建址昆明市呈貢縣,1958年獨立建成昆明農林學院,遷址昆明北郊黑龍潭,1962年滇南大學、滇西大學并入昆明農林學院,1969年搬遷至大理州賓川縣,1970年遷至原曲靖地區尋甸縣,1971年與云南農業勞動大學合并成立云南農業大學,1980年搬回昆明北郊黑龍潭。1983年成為碩士學位授權單位,1993年列為云南省屬重點大學,2003年成為博士學位授權單位,2007年設立博士后科研流動站。2008年教育部本科教學評估為優秀,2009年、2013年、2014年省委省政府依托學校教育管理資源分別創辦了云南農村干部學院、云南省高原特色農業產業研究院、云南省食品安全管理學院。2013年,經科技部、教育部審核批準建設云南農業大學新農村發展研究院。

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